大明嘉靖王朝，倭寇猖獗，嚴嵩父子把持朝政，不事抗倭。將領戚繼光雖有報國之誌，但面對困難的局面有些力不從心。

　　在倭寇的殺戮中，少年月空失去了母親，大腳僧搭救了月空，把他帶到了少林寺。

　　15年後，月空隨方丈出席祭海大典，路遇日本女孩一本秀子和劍客風語，活潑的日本女孩秀子愛上了月空。在少林寺，秀子謊稱是月空的妻子，引起軒然大波。

　　月文和月空奉命下山，奔赴前線，為戚繼光訓練士兵。月文與月空武功雖然高強，但是出家人慈悲為懷，缺乏軍人氣質，與強調軍法的戚繼光發生了不少矛盾。少林弟子進入紅塵之中，是非也悄然而至。一個被倭寇折磨得家破人亡的苦命女子李若蘭邂逅了月文，而因為秀子，月空和風語的糾葛越來越深。

　　倭寇突然發動進攻，戚繼光帶著尚未訓練完畢的老弱病殘與倭寇進行了殊死搏鬥，這時候，月文發現了一個秘密，他的親生父親居然是通倭的大海盜汪直。

　　汪直離間月文與僧兵，他利用月文，除去了月文的師父大腳僧。月文悲痛欲絕，汪直滿眼含淚告訴月文，其實自己也是受害者，他不是倭寇，也不是海盜，他只是商人，他一直想走正路，他想做一個好人，但是嚴嵩父子卻沒有給他做好人的機會，這一切他都沒有錯，錯的是這個世界。

　　大腳僧之死，讓月空充滿仇恨，月文已經敗壞了少林寺和少林僧兵的榮譽，他一定要除去月文。

　　李若蘭被汪直綁架，她的父親掌握著一個秘密。汪直要通過李若蘭要挾她的父親。月文趕到汪直的大本營，汪直強迫月文與李若蘭成婚，新婚之夜，李若蘭將刀刺向了月文。

　　當刀刺中月文之後，李若蘭才發現月文是來臥底的，月文想利用自己與汪直的關系幫戚繼光刺探消息。月文帶著倭寇的情報與李若蘭悄悄離開倭寇大營，這時候汪直出現了，月文送走了李若蘭，自己的雙腳卻被父親砍斷。

　　月空知道自己誤會了月文，他舍命救回了月文……

　　在月文、月空的幫助下，戚繼光創立了鴛鴦陣法，抗倭形勢也開始轉守為攻。此時倭寇卻從葡萄牙人手裏買來了新式的火槍，形勢再次發生變化……

　　面對新式火器，僧兵們毫不猶豫，勇敢地走上第一線。戰場上，風語和月空進行了震古鑠金的決戰，……最後月空的棍法勝一籌……

　　汪直在陀門島一戰後逃離，被胡忠憲誘捕後死在獄中。俞大猷和戚繼光因抗倭有功，成為一代名將。多年以後，戚繼光來到少林寺，在埋放著少林僧兵骨灰的塔林裏，想起月空和那三十棍僧，他不禁潸然淚下……