新西曆時代,人類邁入宇宙又過了快2個世紀了
　　新西曆187年，地球圈陷入了前所未遇的混亂中，在這場被稱為バルマー的戰役中（スーパーロボット大戰α），人類瞭解到地球外的智慧生命體正在外太陽系進行大規模戰爭，但是更令人震驚的是，智慧生命體的天敵ＳＴＭＣ（宇宙怪獸）的存在。雖然バルマー戰役終於阻止了它們的進攻，但估計不久之後它們便會捲土重來。
　　人類已沒有退路……而且，人類制定了若乾關係人類生存的計畫。抵禦外敵保衛地球的イージス計畫；旨在發現新母星的超遠距離移民船團計畫；以及カルネアデス計畫
　　新西曆188年爆發的外星人勢力、木星勢力和地下勢力的戰爭……封印戰爭（第２次スーパーロボット大戦α）中各個計畫有條不紊的進行著
　　新西曆189年，由於人類用以封印地球的人造神ガンエデン的破壞而導致封印戰爭的結束……但是，僅僅數周後便出現了一個接一個的動盪的苗頭。暗中活動在地球圈的神秘軍事組織和外星人，アステロイドベルト宙域出現的巨大的物體，失去聯繫的超遠距離移民船團……
　　此時將要迎來人類最終的戰鬥……銀河終章的戰地鐘聲即將被敲響