將元號改名為“平成”之後的20餘年，進入21世紀初期的日本。將日本從閉關鎖國狀態中解救出來的德川幕府仍然維持著統治，慶康第25代就任將軍之位。
　　故事的舞臺是座落在富士山麓的大型教育機構武應學園私塾。在這間學校，學生會執行部將反對德川家的人判定叛亂份子強行進行鎮壓並把這種行動稱之為“豐臣狩獵”。面對他們的粗暴舉動，越來越多的人感到不滿。
　　故事的主人公是父親失蹤後，在柳生道場暫代師傅職位的在校生柳生宗朗。他對學生會進行的“豐臣狩獵”行動抱有疑問而主動和執行部保持了距離。然而有一天，柳生宗朗突然收到學生會的命令，要求他明天立刻交出道場。當天晚上，柳生宗朗和平日一樣在道場進行修煉，突然間從屋頂上掉下來一名手持兵刃的美少女。之後，這名自稱柳生十兵衛三嚴的美少女用華麗的劍術擊退了突然來襲的風紀委員長服部忍群，從這之後，就不斷有繼承了歷史名將名稱的美少女出現在柳生宗朗面前。