為了調查棲息在冰原地區的，科學家倫多博士帶著兒子小超和助手優子來到極地。突然，從遙遠的宇宙飛來的隕石撞擊到地表。這時，從隕石坑中出現了DNA神奇寶貝代歐奇希斯！它拿起一顆裏面閃透著綠光的隕石，正在端詳的時候，天空中出現了天空神奇寶貝烈空坐的身影。以為代歐奇希斯是侵入者的烈空坐，二話不說就對著他來一記破壞死光，整個冰原頓時變成大打出手的戰場！
　　4年之後……
　　以挑戰豐緣聯盟為目標，持續旅行小智、小遙、小剛和小勝一行人來到科學極度發達，每件事物都采電腦化管理的高科技都市——拉魯斯市（順帶一提，這裏是小遙的勁敵小瞬的故鄉）。小智和皮卡丘準備挑戰這城市裏最壯觀的建築物——對戰塔。正準備好好打一場神奇寶貝戰鬥的小智，偶然相遇一位少年，那就是托伊。
　　四年前目睹的恐怖體驗造成他心靈創傷而無法碰觸神奇寶貝。知道此事的小智一行人便想幫托伊敞開封閉已久的心靈。正當他們努力想讓托伊克服恐懼時，忽然，消失四年的代歐奇希斯又再度出現！小智一行人和托伊也再次體會到迥然不同的驚異體驗和驚心動魄的冒險。