海賊王を目指す少年モンキー?Dルフィは、ゾロ、ナミ、ウソップ、サンジ、チョッパー、そして、ニコ?ロビンを新たに仲間に加え、航海を続けていた。そんなある時、彼らのもとに空から巨大な船が落ちてきた。落下する船を避け、間一髪助かったルフィたち。驚く彼らの元に風にのってやってきた「スカイピア」と書かれた地図、それは天空の地「空島」への地図だった。しかし突如空が曇りはじめ巨人の影が現れる…。
空島への行き方を模索するルフィたちはジャヤで海賊モンブラン?クリケットと出會う。クリケットは400年前に絵本にもなった「うそつきノーランド」という不名譽な探検家の子孫だという事を知る。しかしクリケットの祖先ノーランドは噓つきではなく、本當に空島に行ったかもしれない。その証拠としてルフィ達は航海日誌に描かれた衝撃の事実を知る。そして空島へ行く唯一の手がかりとしてバケモノ海流に飲み込まれなくてはならない事を知ったルフィ達は、メリー號に乗り込み海流に飲み込まれていくのであった…。
激しい海流を抜けた先に辿り著いたのは、雲の上に島々が存在する神の國?スカイピア。喜ぶ麥わら一味のもとに空の騎士ガン?フォールと空の住人コニスが現れる。しかし、そこは全能神と稱されるエネルが支配する國だった…。